A védett és Natura 2000 területeken - mint amilyen a Szigetközi Tájvédelmi Körzet is - az alábbi területi korlátozásokkal lehet a vízen tartózkodni a természeti értékek és élőhelyek védelme érdekében:
- az alábbi térképeken pirossal jelölt útvonalak igénybevétele tilos,
- a sárga színnel jelölt, illetve az Alsó Vörösfüzesi-ág a Barkási-ág becsatlakozásáig június 15. után használhatók,
- a sárga vagy piros jelzés nélküli területek korlátozás nélkül látogathatók, természetvédelmi engedély birtokában.
A térképek a Magyar Vízitúra Portálon, ezen a linken érhetőek el:
https://www.magyar-vizitura.hu/.../vizitura-utvonalak...
https://www.magyar-vizitura.hu/.../Zatonyi-Gazfui...

A természeti értékek és a műtárgyak védelme, illetve balesetvédelmi okokból:
- A hallépcsők fürdőzés céljára nem vehetők igénybe.
- A zátonyokon kikötni tilos.
- Vízen tartózkodás 08-18 óra közötti időszakban történhet, kivéve az Öregszigeti-tó, ahol a tartózkodás 10:00-18:00 óra között lehetséges.
- Tilos a vadkempingezés.
- Gépjárművel közlekedni és parkolni csak meglévő, aszfaltos, vagy erre a célra kijelölt szilárd burkolattal ellátott területen lehet, ez alól a kikötők jelentenek kivételt.

A vízi járműveket gyalogosan, szükség szerint emberi erővel kell a vízre bocsátás helyszínére vinni.

- Gondoskodni kell a területen tartózkodás során esetlegesen keletkező hulladék összegyűjtéséről, és megfelelő hulladékgyűjtő helyre történő elszállításáról
- A vízen haladva a lehető legkisebb zavarással kell közlekedni, tilos a zajkeltés, hangoskodás, zenehallgatás.
Amennyiben szervezett keretek között zajlik a vízitúra, ahhoz természetvédelmi engedély beszerzése szükséges a természet védelméről szóló törvény értelmében.

A védett természeti területnek nem minősülő Natura 2000 területen a vízi túrák és egyéb közösségi események rendezése 100 fő fölött természetvédelmi engedély köteles.
A természetvédelmi engedély iránti kérelmet az alábbi linken, DÁP-os bejelentkezés után lehet benyújtani:
https://magyarorszag.hu/szuf_ugyleiras...

Az engedélyező hatóság Győr-Moson-Sopron vármegye területén a Győr-Moson-Sopron Vármegyei Kormányhivatal Környezetvédelmi, Természetvédelmi és Hulladékgazdálkodási Főosztály Természetvédelmi Osztálya.
Az engedélyezési eljárás ügyintézési határideje 90 nap. A kérelmek sommás eljárás keretében, 8 napon belül csak akkor bírálhatók el, ha a hiánytalanul előterjesztett kérelem és mellékletei, valamint a hatóság rendelkezésére álló adatok alapján a tényállás tisztázott, és nincs ellenérdekű ügyfél.
A 8 napon belül kérelem elbíráláshoz már a kérelem benyújtásakor nyilatkozni kell arról, hogy ki(k) fog(nak) túrát vezetni. Meg kell adni a túravezető(k) nevét, elérhetőségét.
A kérelmezőnek meg kell adnia, hogy összesen hány vízi járműve van, és azok mindegyikét egyedi azonosításra alkalmas módon kell jelölnie, melyet ismertetnie kell a hatósággal.

Amennyiben kiadásra került a természetvédelmi engedély, a határozathoz mellékelt táblázat szerinti adattartalommal az egyes túrákat legkésőbb a túra napján reggel 8 óráig, illetve hétvégi vagy ünnepnapi, munkaszüneti napi túra esetében az azt megelőző munkanapon 13 óráig meg kell küldeni az engedélyező hatóságnak, a termeszetvedelem@gyor.gov.hu címre.

A nem tervezett túrákat a túra kezdetéig kell bejelenteni.
Az engedélykérelemben meg kell adni, hogy az alábbi szakaszok közül mely területeket kívánják igénybe venni:
1. Szigetközi mellékágrendszer:
- Trianoni zsiliptől a Szivárgó-csatorna torkolatig
- Szivárgó-csatorna torkolattól a Lábányi-csatornáig
- Lábányi-csatornától a hallépcsőig
- Hallépcsőtől a Sorjási-hídig
- Sorjási-hídtól az Árvai zárásig
- Árvai zárástól a Matláki-ágig.
2. Mosoni-Duna:
- Rajka, Rákász kemping – Mosonmagyaróvár
- Mosonmagyaróvár – Dunaszentpál
- Dunaszentpáltól lefelé
3. Zátonyi-Duna
Bővebb információk a https://szigetkozportal.hu/letoltheto-kiadvanyok/ oldalon, az Információk – Letölthető kiadványok – Túrázási szabályok a Szigetközben oldalra kattintva érhetőek el.